تقداند پیاز احتمالا” از افغانستان، ایران و پاکستان منشا گرفته است [40].
2-5-گونه‌‌‌‌‌های مهم جنسAllium
در جنس Allium حدود 750 گونه وجود داردکه اغلب گیاهان غده‌ای می‌باشند. در این جنس تنوع بسیار زیادی در خصوصیات مورفولوژیکی مختلف به خصوص در فرم های زندگی،فنولوژی و عادات اکولوژیکی دیده می‌شود [62]. 12 گونه توسط انسان‌‌‌‌‌ها به عنوان سبزی، گیا‌‌‌‌هان دارویی، ادویه و چاشنی مورد استفاده قرار می‌گیرند که از آن جمله می توان پیاز خوراکی، سیر، موسیر، تره فرنگی وپیازچه برگی را نام برد [6].
پیاز خوراکی به دو گروه عمده تقسیم می‌شودکه عبارتند از: پیاز معمولی و گروه aggregatum .
پیاز معمولی: پیاز‌‌‌‌‌ها در این گروه توسط بذر تکثیر می‌شوند و اکثر کولتیوار‌ها به منظور تولید غده‌های خشک کشت می‌یابند. تنوع بالایی در این گروه دیده می‌شود . این گروه شامل صدها کولتیوار جدید ،آزاد گرده افشان سنتی، هیبرید‌های نسل یک و نژاد های محلی هستند که در مناطق بسیاری از جهان کاشته می‌شوند. غده‌ها بزرگ و به طور معمول منفرد دارند [49].
گروه aggregatum: غده ها در این گروه کوچکتر می‌باشند و معمولا” یک کلاستر مجتــمع را شکل می‌دهند. تکثیر سنتی اغلب از طریق غده های دختری صورت می‌گیرد. این گروه ارزش اقتصادی کمتری را نسبت به گروه قبــلی دارا می‌باشد [49].
2-6- اهمیت پیاز
2-6-1-اهمیت اقتصادی – تجاری
پیاز کالای مهمی در تجـــارت بین المللی است که به دلیل خصوصیات خوب انبار داری و پایداریش در حمل و نقل بیشتر از دیگر سبزیجات در تجارت نقش دارد. اهمیت پیاز در بین سبزیجات شایان توجه می‌باشد. پیاز به طور روزمره مورد استفاده قرار می‌گیرد و از نظر ارزش تولیدی مقام چهارم را در بین سبزیجات دارا می‌باشد. تولید آن در مناطق معتدل تا نیمه گرمسیر رخ می‌دهد. مهم‌ترین صادر کنندگان آن شامل اسپانیا، هند،مکزیک، ترکیه، آمریکا و هلند هستند [4].
طبق آمار سازمان خواروبار جهانی(FAO) در سال 2007 در ایران سطح زیر کشت پیاز 50000 هکتار و کل تولید آن 1700000 تن بوده است. همچنین سطح زیر کشت پیاز در جهان 3451041 هکتار و کل تولید آن 64475126 تن بوده است [29].
2-6-2-اهمیت تغذیه ای – بهداشتی
بیش از 4000 سال است که پیاز برای غذا، مصارف پزشکی یا اهداف مذهبی کشت شده است. طعم و بــوی مشخـــص آن وقتــی که بافــت‌‌‌‌‌ها کوبیده، بریــده یا خیســانده شــود و آنزیـم آلـیناز مواد اولیه S-alkyl cycteine sulfoxide را هیدرولیز کرده و ترکیب‌‌‌‌‌های گوگردی فرار تولید نماید، ظاهر می‌گردد. این ترکیب‌‌‌‌‌های طعم و بو در بسیاری از مناطق به عنوان ترکیبی مهم در غذا پذیرفته شده است. از قسمت‌‌‌‌‌های مختلف پیاز از برگ‌‌‌‌‌های جوان تا غده های رسیــده به شکل‌‌‌‌‌های مختلـف استفاده می‌شود [4]. از برگ و قسمت‌‌‌‌های زیر زمینی آن که غده نام دارد به صورت تازه، پخته و در صنایع تبدیلی استفاده می‌شود. پیاز افزون بر مواد معدنی به ویژه پتاسیم، دارای ویتامین‌‌‌‌‌های B1،B2 وC می‌باشد که از نظر تغذیه مهم است. همچنین به دلیل داشتن کلسیم زیاد در تحکیم استخوان‌‌‌‌ها و لثه‌‌‌‌‌ها نقش مهمی را دارا می‌باشد [6]. بعلاوه همانند سایر سبزیجات دارای خواص بهداشتی از جمله ضد عفونی کننده دستگاه گوارش می‌باشد. ماده ای به نام پروستا گلاندین، جهت تهــــیه داروی کاهش دهنده فشار خون از پیاز استخراج می‌شود. به علاوه، پیاز مصارف پزشکی زیادی نظیر پایین آوردن چربی، قند، تجمع گلبول‌‌‌‌‌ها و تسریع تجزیه فیبرین در خون را دارد. پیاز‌‌‌‌های زرد و قرمز دارای میزان زیادی فلاوون، کورکتین، گلیکوزید‌‌‌‌های کورکتین می‌باشند. این ترکیب‌‌‌‌‌ها ویـــــژ گــــی‌‌‌‌‌های ضد باکتریایی و ضد قارچی دارند و گفته شده است که در واکنش‌‌‌‌‌های ضد سرطانی نقش دارند و دارای ویژ گی‌‌‌‌‌های ضد انعقادی و فواید بهداشتی دیگر نیز می‌باشند [13،35].
2-7-اهداف به نژادی
تولید پیاز‌‌‌‌‌های تجارتی که جزء هدف های مهم در اصلاح پباز می‌باشد به مقاومت آن‌‌‌‌ها به بیماری‌‌‌‌‌ها، آفات و گل دهی در سال اول ( گل دهی در زمان تشکیل پیاز ) بستگی دارد. در تولید بذر پیاز، به نژاد گران باید کوشش‌‌‌‌‌های خود را بر صفات حایز اهمیت فوق در تولید بذر و پیاز‌‌‌‌‌های دارای کیفیت بالا متمرکز سازند. تولید بذر‌‌‌‌‌های دارای کیفیت مناسب، نیازمند پیاز‌‌‌‌‌های قوی، گل دهی یکنواخت، ساقه گل دهنده مستقیم، حشرات گرده افشان و شرایط دقیق برای خشک کردن و تمیز کردن بذر است [4].
2-8- اهمیت مطالعه منابع ژنتیکی
کاهش تنوع ذخایر ژنتیکی، یکی از پیامد‌‌‌‌‌های اجتناب ناپذیر کشاورزی نوین (استفاده از ارقام اصلاح شده با عملکرد بیشتر و کیفیت بهتر) می باشد. اگر چه تخمین میزان کاهش تنوع ژنتیکی مشکل و در برخی موارد غیر ممکن است اما در این مساله که بسیاری از ژن‌‌‌‌های مفید از دست رفته و ذخایر ژنتیکی با سرعت فزاینده ای کاهش یافته اند تردیدی وجود ندارد [9]. از آنجایی که کشاورزی و تولید غذا بستگی به استفاده از ژنوتیپ‌‌‌‌‌های گیاهی پرمحصول دارد، از نظر کاربردی تنوع ژنتیکی در گیا‌‌‌‌هان و جمعیت‌‌‌‌های گیاهی مورد توجه محققین است. درک و مدیریت تنوع ژنتیکی موجود در داخل ارقام اهلی و خویشاوندان وحشی آنها اطلاعات ارزشمندی را در مورد پیش بینی عملکرد هیبرید‌‌‌‌‌ها و انتخاب نژاد‌‌‌‌‌های والدینی مناسب بدست می‌دهد. تنوع ژنتیکی در جمعیت‌‌‌‌‌های گیاهی ممکن است از طریق ساز و کار‌‌‌‌های متفاوتی نظیر جهش، نوترکیبی، مهاجرت، جریان ژنی، رانده شدن ژنتیکی و گزینش ایجاد شود [1]. امـــروزه با بکار گیری روش‌‌‌‌های پیشرفته به طور دقیق به وجود یا عدم وجود تنوع پی برده می‌شود. وجود تنوع ژنتیکی اساس کار‌‌‌‌های اصلاحی، انتخاب ژنوتیپ‌‌‌‌‌ها و نمونه‌‌‌‌‌های گیاهی مورد نظر است. در روش‌‌‌‌های متداول اصلاح گیا‌‌‌‌هان، اساس بر گزینش ژنوتیپ‌‌‌‌‌های مورد علاقه از بین تنوع ژنتیکی موجود و دست ورزی همه یا تعدادی از صفات ممکن و مورد علاقه در یک ژنوتیپ به منظور تولید واریته تجاری استوار می‌باشد. ارقام بومی از نظر ژنتیکی جوامع متنوعی هستند که دارای پتانسیل بالای ژنتیکی و سازگاری وسیعی می‌باشند. این مواد ذخایر ژنتیکی گرانبهایی‌‌‌‌ برای استفاده در تکنولوژی‌‌‌‌های نوین کشاورزی و برنامه‌‌‌‌‌های اصلاحی آینده می‌باشند. تنوع موجود در داخل این توده‌‌‌‌‌ها شرایط را برای انتخاب تک بوته‌‌‌‌‌ها و در نها‌‌‌یت شناسایی صفات مطلوب فراهم می‌سازد [4].
توده‌‌‌‌‌های بومی پیاز ایران دارای شجره نامشخص بوده و احتمالا” برخی از آن‌‌‌‌ها با نام‌‌‌‌های محلی در مناطق مختلف کشور کشت می‌شوند. لازم به ذکر است که شناخت و درک هر چه بهتر تنوع ژنتیکی پیش شرط لازم برای مطالعات ژنتیکی و اصلاح گیاه پیاز بوده و می‌تواند به استفاده از آن‌‌‌‌ها در برنامه‌‌‌‌‌های اصلاحی کمک نماید. آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی و روابط ژنتیکی بین توده‌‌‌‌‌ها برای بررسی علمی موثر و استفاده بهینه از ژرم پلاسم، از اهمیت خاصی برخوردار بوده و جهت طراحی برنامه اصلاحی مناسب به واسطه انتخاب ژنوتیپ‌‌‌‌‌های والدینی و ایجاد جمعیت‌‌‌‌‌های جدید الزام آور است. در کشور ما به دلیل عدم شناخت ذخایر ژنتیکی و ژن‌‌‌‌‌های مطلوب، برنامه اصلاحی در خور توجهی روی محصولات باغبانی خصوصا” سبزی‌‌‌‌‌ها صورت نگرفته است. لذا می‌توان با شناسایی خصوصیات ارقام و گونه‌‌‌‌‌های مختلف، ژن‌‌‌‌‌های مطلوب و مورد نیاز محققین را در دسترس آن‌‌‌‌ها قرار داد. برخی از خصوصیات گیاه شناسی، تعداد کم کروموزوم‌‌‌‌ها و تنوع گونه‌‌‌‌‌های خویشاوند، پیاز را گیاه مناسبی برای مطالعات فیزیولوژیکی، ژنتیکی و سیتوژنتیکی ساخته است [4].
2-9- نشانگر‌‌‌‌‌های ژنتیکی3
تفاوت در بین تعداد و ترتیب باز‌‌‌‌های DNA کروموزوم‌‌‌‌‌های هر موجود می‌تواند به عنوان نشانگر ژنتیکی به کار گرفته شود. این تفاوت‌‌‌‌‌ها به صورت‌‌‌‌‌های مختلفی تظاهر پیدا می‌کنند و به طور کلی نشانگر‌های ژنتیکی در دو دسته کلی قرار می‌گیرند. برخی از تفاوت ها در صفات ظاهری تجلی می‌یابند که به آن‌‌‌‌ها نشانگر‌‌‌‌‌های مورفولوژیک4 می‌گویند. بعضی از تفاوت‌‌‌‌‌ها در سطح مولکولی به دو صورت ظاهرمی‌شوند یا به صورت پروتئین‌‌‌‌‌های با اندازه‌‌‌‌‌های مختلف تجلی می‌یابند که آن‌‌‌‌ها را نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی در سطح پروتئین می‌نامند. اما دسته دیگری از تفاوت‌‌‌‌‌های موجود در سطح DNA هیچ تظاهر ظاهری ندارند، یعنی صفت خاصی را کنترل نمی‌کنند، همچنین ردیف اسید‌‌‌‌‌های آمینه پروتئین‌‌‌‌‌ها را نیز متاثر نمی‌نمایند. اینگونه تفاوت‌‌‌‌‌ها تنها‌‌‌‌ از طریق تجزیه و تحلیل مستقیم DNA قابل بررسی هستند و به آن‌‌‌‌ها نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی5 در سطح DNA گفته می‌شود [9].
2-9-1-نشانگر‌‌‌‌‌های مورفولوژیک
در بین انواع مختلف نشانگر های ژنتیکی، نشانگر های مورفولوژیک ساده ترین نوع بوده و از اوایل قرن بیستم مورد استفاده قرار می‌گرفتند. این نوع نشانگر‌‌‌‌‌ها دارای محدودیت‌‌‌‌‌های از قبیل تاثیر پذیری از شرایط محیطی، تظاهر وابسته به سن و مرحله رشدی موجود، تعداد کم و عدم مشخص بودن ماهیت ژنتیکی می‌باشند که به این دلایل از این نوع نشانگر‌‌‌‌‌ها در مطالعات کمتر استفاده می‌شود [8].

2-9-2-نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی
توسعه و استفاده از نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی برای تشخیص و توضیح چند شــکلی DNA، یکـــــــی از پیشرفت‌‌‌‌‌های بزرگ در زمینه ژنتیک مولکولی است. در حال حاظر چندین نوع از نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی وجود دارند و با وجود تفاوت در اصول و مبانی، روش شناسی و کاربرد‌‌‌‌‌هایشان بایستی توجه دقیقی به منظور انتخاب یک یا تعداد بیشتری از این روش‌‌‌‌‌ها نمود [74].