ال از فایل ورد به داخل سایت کلمات به هم بریزد یا شکل ها درج نشود

شما می توانید تکه های دیگری از این مطلب را با جستجو در همین سایت بخوانید

ولی برای دانلود فایل اصلی با فرمت ورد حاوی تمامی قسمت ها با منابع کامل

اینجا کلیک کنید

لکه گذاری ساترن
هیبریداسیونتکثیر DNA با آغازگر‌‌‌‌‌های تصادفی تکثیر توالی‌‌‌‌‌های ساده تکراری با آغازگر‌‌‌‌‌های اختصاصیهضم آنزیمی
الحاق آداپتور
آغازگر‌‌‌‌‌های انتخابیعامل ایجاد کننده چند شکلیحذف شدگی، الحاق، تغییر در طول و تعداد توالی های تکراریحذف شدگی، الحاق، تغییر در توالی‌‌‌‌‌های منفردحذف شدگی، الحاق، تغییر در توالی‌‌‌‌‌های منفردتغییر در تعداد توالی‌‌‌‌‌های تکراریحذف شدگی، الحاق، تغییر در توالی‌‌‌‌‌های منفردتوارثغالب/هم بارزهم‌بارزغالبهم‌بارزغالبمیزان چند شکلیزیاد/ متوسطزیاد متوسطخیلی زیادزیاد مقدار DNA مورد نیازng 50-10gµ15-2ng 50-10ng 50gµ1-5/0هزینهکممتوسطکمزیاد در مرحله اولیهزیادتکرار پذیریزیاد/متوسطزیادکمزیادزیادسختی کارکممتوسطکمکممتوسط
2-12- ریز ماهواره‌ها
عنوان ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها توسط Luty و Litt برای نشان دادن طول توالی‌‌‌‌‌های ساده که توسط PCR تکثیر می‌شوند بکار برده شد [36]. ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها دسته ای از توالی ‌‌‌‌های DNA تکراری می‌باشند که هم در پروکاریوت ‌‌‌‌ها و هم در یوکاریوت ‌‌‌‌ها وجود دارند [64]. آن‌‌‌‌ها در تکرار ‌‌‌‌های پشت سر همی از چندین نوکلئوتید مرتب شده اند که در حداقل اندازه نگاره مــرکزی ریز ماهـــــواره‌‌‌‌‌ها اختلاف نظر وجود دارد. بعضی نویسند گان ریز ماهوار ه‌‌‌‌‌ها را تکرار‌‌‌‌‌های دو تا هشت جفـــت باز (Armour et.al.1999)، تکـــرار‌‌‌‌‌هـای یـک تا شش جفــت باز(Pollock 1997) یا حتـــی یک تا پنج جفت بـــــاز (Schlotterer et al 1998) که در قطعاتی بالاتر از 100 جفت باز در تمام ژنوم پراکنده شده اند در نظر می‌گیرند. ( گمان می رود که توزیع آن‌‌‌‌ها در گونه ‌‌‌‌ها و کروموزوم ‌‌‌‌ها متفاوت باشد). ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها، توالی‌‌‌‌‌های ساده تکراری (SSR)18،تکرار‌‌‌‌‌های متوالی کوتاه (STR)19، تفاوت طول توالی‌‌‌‌‌های ساده SSLP))20، موتیف‌‌‌‌‌های با توالی ساده (SSM)21 و نقاط ریز ماهواره نشانمند از ردیف(STMS)22 نیز نامیده می‌شوند [25]. توالی‌‌‌‌‌های اطراف نگاره مرکزی حفاظت شد‌‌‌‌ه اند و این توالی‌‌‌‌‌ها برای طراحی آغازگر‌‌‌‌های مناسب برای تکثیرنگاره مرکزی ریز ماهواره در واکنش PCR بکار می‌روند. یک جفت آغازگر وقتی برای تکثیر یک مکان ژنی خاص در تعدادی ژنوتیپ بکار می‌رود چند شکلی را آشکار می‌کند که این چند شکلی تفاوت در طول محصول تکثیری است و هر طول به عنوان یک آلل آن مکان ژنی در نظر گرفته می‌شود. وبر ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها را در سه گروه عمده از جمله تکرار‌‌‌‌‌های کامل، تکرار‌‌‌‌‌های ناقص که با باز‌‌‌‌های غیر تکرار شونده قطع میگردند و تکرار‌‌‌‌‌های مرکب که در آن‌‌‌‌ها دو یا تعداد بیشتری از واحد‌‌‌‌‌های تکراری در مجاور یکدیگر قرار می گیرند طبقه بندی می کند [82].
جدول 2-2: ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها از لحاظ سازمان یافتگی به شش کلاس تقسیم بندی می شوند [19].
نوع ریز ماهواره نوع ریز ماهواره توالی مفروض برای هر دستهخالصPure perfect
(AC)14خالص منقطعInterrupted pureTA-(CA)4-TA-(CA)7مرکبCompound(CT)22-(CA)6مرکب منقطعInterrupted compound(AC)14-AG-AA-(AG)12پیچیدهComplex(TTTC)3-(CTT)5-(CT)15-(TTCC)4پیچیده منقطعInterrupted complex(ATA)12-(AT)20-AT-AA-(AAAT)4
2-12-1-سطح چند شکلی:
تفاوت در تعداد نوکلئوتید‌‌‌‌‌های توالی نگاره مرکزی در مکان ژنی ریزماهواره در ژنوتیپ‌‌‌‌‌های مختلف اساس چند شکلی را ایجاد می‌کند که برای مطالعات ژنتیک بکار می‌رود. روابط خطی بین تعداد آلل‌‌‌‌‌های شناسایی شده در مکان ژنی و طول ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها دیده می‌شود به صورتی که تعداد نوکلئوتید بیشتر باعث ایجاد تعداد آلل بیشتر می‌شود. به طور مثال در انسان دیده شده که با تعدادنوکلئو تید کمتر از 12 معمولا” سطوح خیلی کمی از چند شکلی دیده می‌شود [74]. ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها سرعت جهش بالای در مقایسه با سایر مناطق DNA دارند که باعث ایجاد چند شکلی زیاد در آن‌‌‌‌ها می‌شود. همچنین پیشنهاد شده است که لغزش‌‌‌‌‌های همانند سازی، تعویض کروماتید‌‌‌‌‌های خواهری، کراسینگ اور نامتقارن و وارونگی ژن می توانند سبب ایجاد چند شکلی در ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها شوند. در بین این مکانیسم‌‌‌‌‌هابه نظر می رسد که جهش‌‌‌‌‌ها و لغــزش‌‌‌‌‌های همانند ســازی نقش اصلی را برای تولیـــد آلل‌‌‌‌‌های جدید در مکان‌‌‌‌‌های ژنی ریز ماهواره بر عهده داشته باشند [51].
2-12-2-تکامل ریز ماهواره ها
چندین فاکتور در تفاوت های مشاهده شده در تکامل ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها نقش دارند که از آن جمله می توان به تعداد تکرار، توالی نگاره مرکزی تکراری، طول واحد تکراری، توالی نواحی مجاور نگاره مرکزی، میزان نوترکیبی، میزان رونویسی و انقطاع در ریز ماهوارها اشاره کرد [73]‌‌‌.
چند شکلی زیاد در ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها با دو مکانیسم عمده ایجاد می‌شود:
1- جفت شدگی اشتباه ناشی از لغزش در هنگام همانند سازی DNA
DNA پلیمراز در طی مراحل همانند سازی در توالی ریز ماهواره توقف می‌کند و به طور موقت ازDNA جدا می‌شود. انتهای‌ DNA جدید سنتز شده به بخش دیگری از DNA متصل می‌شود و یک حلقه کوچک شکل می‌گیرد. پس از آنکه سنتز کامل شد سیستم تعمیر جفت شدگی اشتباه آن را تصحیــح می‌کند و یک واحد تکراری را اضافه یا کم می‌کند. اگر حلقه در رشـته جدید شکل گــیـــرد طول ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها افزایش می‌یابد و اگر حلقه در رشته الگو ایجاد شود طول آن‌‌‌‌ها کاهش می‌یابد. لغزش علاوه بر هنگام همانند سازی در طول تکثیر DNA در واکنش PCR نیز می تواند رخ دهد و سبب تکثیر نادرست ریز ماهواره ها و ایجاد باند‌‌‌‌‌های Stutter می‌شود. در ریز ماهواره‌‌‌‌‌های طولانی ترمیزان لغزش بیشتری دیده می شود در حالی که در ریز ماهواره های منقطع میزان این پدیده کمتر می باشد [64].
2-تبادل نامساوی کروماتید‌‌‌‌‌های خواهری
وقوع کراسینگ اور نامساوی میان کروماتید‌‌‌‌‌های خواهری در ناحیه ریز ماهواره‌‌‌‌‌های روی یک کروموزوم مشابه، سبب ایجاد تغییر در تعداد واحد‌‌‌‌‌های تکرار شده می‌گردد. این پدیده می تواند هم در تقسیم میتوز و هم میوز رخ دهد. به علاوه این پدیده بیشتر در ماهوارک‌‌‌‌‌ها دیده می‌شوند ولی در ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها نیز اتفاق می‌افتد [64].
استفن و چو(1994) پیشنهاد کرد‌‌‌‌ه اند که لغزش‌‌‌‌‌های همانند سازی بر روی تمامی ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها عمل می‌کنند اما کراسینگ اور‌‌‌‌‌های نامتقارن بر روی تکرار‌‌‌‌‌های خیلی کوتاه ریز ماهواره ها قادر به عمل نمی‌باشند. در مطالعه لی و همکارانمشخص شده که مکانیسم لازم برای ایجاد تنوع با توجه به نوع نگاره مرکزی متفاوت می باشد. آنها نشان دادند که لغزش های همانند سازی مکانیسم مهمی برای ایجاد تنوع در ریز ماهواره (GA)n می باشند و ارتباط متقابل لغزش‌‌‌‌‌های همانند سازی و کراسینگ اور نامتقارن فاکتور‌‌‌‌‌های مهمی برای تنو ع در ریز ماهواره‌‌‌‌‌های (GA)n (CT)n و (CA)n (TA)n هستند [51].
2-12-3-مدل های جهش ریزماهواره ها
چهار مــدل جهش در مکان ژنـــــی ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها پیشنهاد‌‌ شده است.
1 – مدل آلل‌‌‌‌‌های معین23 (IAM)
اساس این مدل بر این فرض استوار است که هر جهش موجب ایجاد آلل جدیدی می‌شود. یک آلل 15 تکراری دقیقا” مانند یک آلل 11 تکرای می‌تواند خویشاوند نزدیک یک آلل 10 تکراری باشد. در واقع اندازه آلل مهم نیست. هر تعداد تکرار که باشد آلل متفاوتی را ایجاد می‌کند [25و63].
2- مدل جهش گام به گام24 (SAM)
این مدل برای اولین بار توسط ohta و kimura (1978) پیشنهاد شده است. در این مدل وقتی ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها جهش می‌یابند، فقط یک تکرار حذف یا اضافه می‌شود. یعنی دو آللی که در یک تکرار متفاوتند، رابطه خویشاوندی نزدیکتری نسبت به آلل‌‌‌‌‌هایی دارند که در تکرار‌‌‌‌‌های زیادی با هم تفاوت دارند [25و63].
3- مدل دو فازی(TPM) 25
مدل دو فازی ترکیبی از دو مدل قبل است و بر این فرض است که تغییرات جهشی، حاصل افزایش یا کاهش یک واحد تکرار است ولی جهش‌‌‌‌‌های بزرگ هم بندرت اتفاق می‌افتد. این مدل بهتر می‌تواند تغییرات جهشی را در ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها توجیه کند [25و63].
4- مدل آلل های K